После падения Иерусалима и разрушения Второго Храма многие евреи в поисках пристанища перебрались в Кесарию. Еврейская община города вновь разрастается. В Иерусалимском и Вавилонском Талмудах Кесария упоминается 140 раз, правда, далеко не всегда с одобрением. Строгие раввины Иерусалима смотрели на Кесарию, как на опасный город, зараженный мирской суетой, где каждый легко превращался в язычника. В глазах евреев Кесария символизировала чужую ненавистную власть.

После подавления восстания Бар-Кохбы в Кесарию был доставлен великий законоучитель и идейный вождь повстанцев рабби Акива. Здесь его посадили в тюрьму и здесь казнили. Евреи прокляли Кесарию. «Если скажут тебе, что Кесария и Иерусалим будут разрушены вместе — не верь! Если скажут, что вместе восстанут из руин — не верь! Падет Кесария и восстанет Иерусалим!», — говорили наши мудрецы.

В I в. в Кесарии появляются первые христиане. В Кесарии апостол Петр крестил римского легионера Корнелия. Это было первое крещение язычника после видения Петру в Яффе. С него начинается переход всех уверовавших в Иисуса Христа в христианство.

В Кесарии диакон Филипп жил и проповедовал со своими четырьмя дочерьми. Апостол Павел был привезен сюда из Иерусалима и прожил в Кесарии два года перед тем, как его отправили на суд в Рим. Здесь начинает претворяться в жизнь завет Иисуса своим ученикам проповедовать Царство Божие другим народам. С годами порт начинает играть важную роль для христиан, так как через него иерусалимская церковь была связана со всем побережьем Средиземного моря.

В 128 г. город был разрушен землетрясением, однако вскоре восстановлен. Вплоть до Vв. Кесария оставалась одним из важнейших христианских центров. Ее школы славились во всем мире, а библиотека насчитывала свыше 30 тысяч томов. Наибольшего расцвета город достиг в византийскую эпоху.

Евреи Кесарии даже после неоднократных изгнаний все еще составляли значительную общину. В 634 г., когда мусульмане завоевали Палестину, Кесария оставалась последним оплотом Византийской империи, но в 640 г. пала и она. По утверждению историка тех дней, «все оставшиеся сыны Израиля присоединились к мусульманам и вместе с ними образовали большое войско».

Спустя 400 лет город захватили крестоносцы. С присущей им свирепостью и методичностью они вырезали все мужское население, независимо от вероисповедания. Среди богатой добычи, попавшей им в руки, была необычная чаша из зеленого стекла. Крестоносцы решили, что это и есть Чаша Святого Грааля, которую, согласно христианской легенде, подарила царю Соломону царица Савская (жрецы Эфиопии пользовались ею во время жертвоприношения богу Солнца). Соломон хранил чашу у себя во дворце. В период Второго Храма она была преподнесена одному из почетных граждан Иерусалима. Во время Тайной Вечери из нее лили воду на руки Иисусу Христу при омовении. Затем в эту чашу собрали кровь, сочившуюся из тела распятого Спасителя. Отсюда название этой чаши (старофранцузск. «грааль» — кровь).